教育部在2009年硕士研究生招生计划基础上，增加全日制专业学位硕士研究生招生计划5万名，主要用于招收参加2009年全国硕士研究生招生统一入学考试的应届本科毕业生。与教育部政策逗运相配合，南开大学将在14个专业领域追加专业学位硕士名额350个。不同于普通的研究生，专业学位硕士更注重培养学生对知识的实际应用能力。南开大学在2009年专业硕士招收的14个专业领域分别为：法律硕士(J.M)、电子与通信工程硕士、控制工程、计算机技术、软件工程、环境工程、项目管理、物流工程、工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士(MPA)、会计硕士(MPACC)、汉语国际教育硕士、英汉笔译和英汉口译。以往这些专业硕士大多只招收有工作经验的在职考生，而2009年将首次面向应届本科毕业生招生。新增的350个名额将从本次研究生入学考试中报考南开大学相近专业的考生中招收录取。
南开大学研究生院副院长申丽梅认祥基为，教育部的这项决定是人才培养模式改革的重大举措。通过这一措施应用型人才的培养比例得到了增加，这有利于进一步改善研究生教育质量。专业硕士的学习内容具有较强的实用性，毕业后能够更快的与社会接轨。“在当前金融危机的大环境下，增加研究生招生计划也将有助缓解严峻的就业压力。”申丽梅表示，“今年考研报名总人数较往年有所增加，尤其是报名人数中应届毕业生达到了70%之多，这与今年的就业形势是有很大关系的。在这种情况下，专业研究生招生计划获得增加，并面向应届本科毕业生招生，能够对缓解就业压力起到一定的作用。”
此外，往年南开大学只在法律硕士、软件工程、工商管理三个专业领域招收学历硕士，其他专业则为非学历教育。而本谨指谨次招生，所有14个专业领域的硕士在顺利毕业的情况下都将可以获得“双证”（硕士学位证和毕业证）。