15世纪90年代，小说家马泰奥·班代洛还只是个孩子，那时他在米兰的圣玛利亚感恩教堂道明会修道院做见习修道士，他的叔叔维琴佐当时是那里的院长。班代洛常会看着列奥纳多·达·芬奇在修道院的北墙上工作来打发时间，列奥纳多当时正在绘制斯福尔扎时期一幅伟大的杰作——《最后的晚餐》。
班代洛描述：达·芬奇一大早就爬上脚手架马不停蹄地就开始工作。有时他会在那里从早干到晚，手里一直都拿着画笔。他画个不停，常会忘记吃饭或喝水。有时候，他会连续几天不碰画笔，一天中有好几个小时伫立在他的作品面前，双臂交叉放在胸前，独自一人用挑剔的眼光审视着画中的人物。也看到过他在中午太阳最烈的时候，好像突然有急事要做一样，放下手头正在制作的黏土模具，离开韦奇奥宫直奔圣玛利亚感恩教堂。他也不找个阴凉处休息片刻，就赶忙爬上脚手架，拿起画笔在墙上涂上一两笔，然后随即转身离开。
从墙的左侧画起
绘制《最后的晚餐》首先要在修道院餐厅的墙上均匀地涂上一层灰泥，墙壁中间的灰泥要比旁边的灰泥粗糙一些，因为这样灰泥才能与覆大缺于其上的漆层黏合得更加牢固。人们发现《最后的晚餐》草图的痕迹，草图是直接画在灰泥之上的，“极为简洁的红线条，用流畅的画笔描绘上去，按照他的布局勾画出众人的轮廓或外形。”绘上草图之后再打上熟石膏粉或底子。当时用的石膏粉是“一种小颗粒状的混合物，100－200微米厚，是用类蛋白质将钙碳酸盐和镁黏合而成”，顶层再涂上一层薄薄的铅白色的底漆。列奥纳多故意在表面留下一些切口，主要是为了勾画出建筑背景的形状和全景；为了追求作品的精确性，图画区域的中心还打上一个小孔，作为整幅壁画的没影点，这个点就在耶稣的右太阳穴上。
油画大概是从已画好的场景上三个刻有纹章的半圆壁开始画起，现在大部分已经遭到损坏，但仍然能看到铭文的片断和盾形纹章，以及一个用水果和青草编制的漂亮花环。壁画的主要场景大概是从左侧开始画起。用马泰奥·班代洛的话说，在这个时期，列奥纳多不停地工作，有时还交叉双臂长时间地专注看着墙壁。
“我不得不谋生”
1496年的夏天，列奥纳多在绘制《最后的晚餐》的同时，还在装饰某些房间（可能是贝娅特丽丝公爵夫人在斯福尔扎宫殿的房间）。6月8日发生了一件列奥纳多有失风度的事情，这件事情被公爵的秘书记录了下来：“装饰房间的那个画家今天闹出了一件不光彩的事情，他因此愤然离开。”这种紧张状态或许跟写给公爵的另外一封不完整的信的草稿有关，列奥纳多在信中抱怨他的经济困境：“我非常烦恼，你本应该发现我很缺钱，而且……我不得不谋生，这使我只能中断这项工作，参与到不太重要的事务中去，而不能继续执行阁下您委托我的工作。”这项重要工作指的是《最后的晚餐》。
他继续写道：“或许阁下没有给瓜尔蒂埃洛先生更多指示，他还以为我的钱够花……如果您以为我有足够的钱，您一定是被骗了。”这里指的就是瓜尔蒂埃洛·巴斯卡皮，还有人将他称为“公爵的礼物审理员”，即公爵的出纳。列奥纳多好像没有收到某些预期的“礼物”：所谓“礼物”本质上就是金钱，因为不是定期支付所以不能被认为是薪水。据班代洛所说，列奥纳多的年薪是2000达克特，但另一个消息灵通人士却说摩尔人每年只付给他500达克特。
在这封信中可以从一个侧面感到列奥纳多绘制《最后的晚餐》时正承受着巨大的创作压力，这种压力非但没有被其他事情缓解，还一直不断加重。这也是被班代洛捕捉到的同一个列奥纳多，那个在炽热而安静的大街上大步流星走向圣玛利亚感恩教堂的列奥纳多。 温莎皇家图书馆收藏的汪扰一页笔记，笔记上有一幅早期用钢笔作的构图习作：习作仍然以传统的《最后的晚餐》的构图法为基础———犹大没有与众人坐在一起，他坐在桌子的左侧，头扭向后面；而圣约翰则坐在耶稣旁边，已经睡着了，旨在表示在耶稣宣布他被出卖的消息的时候，他“斜靠在耶稣的怀里”。这两种形象在最后的版本里都被弃之不用。
这页纸上还有两幅相对独立的素描。左边那幅素描里出现了十个人物，这群人后面轻淡地画了些拱形结构，这是关于图画背景的最早想法，即“最后的晚餐”发生的“顶楼”。右边的素描中出现了四个人物，但滚陵辩画面重心主要放在耶稣和犹大这两个人物身上。列奥纳多在这里集中表现明确叛徒身份那戏剧性的一刻：“与我共用一个碟子的那个人将要背叛我。”画中的犹大从他的凳子上起身，正把手向那个碟子伸去。列奥纳多试着给耶稣的双手画出两种姿势——一种是手抬起来好像要伸向前方；另一种是手已经碰到了碟子，与叛徒的手发生短暂的接触。这幅小一些的素描突出了故事的焦点，找到了戏剧性的支点——两手相触的动人心魄那一刻。为了突出表现这一瞬间，列奥纳多把传统的“最后的晚餐”的故事追溯到《圣经》之前的一个场景，即圣餐仪式。
较小的那幅素描中还描绘了正在熟睡的圣约翰，耶稣的手臂放在他的背上，这里表现出耶稣的“仁爱”，正如《圣经》上所写，约翰是“耶稣所爱的”门徒。而在那些漠视宗教的怀疑论者们看来，约翰“斜靠在耶稣的怀里”是同性恋的表现。一百年以后，在归结克里斯托夫.马洛的诸多亵渎行为中有一项便是：耶稣对约翰怀有“一种特别的爱”，并“把他当做所多玛的罪人利用”。
不久之后，列奥纳多又用红粉笔画了一幅草图，后来这幅红粉笔画又被其他人用墨水描了一遍，该图现存放在威尼斯学院美术馆。该草图显得比较粗糙，很大程度上应归咎于墨汁的影响，不过《最后的晚餐》均匀的布局在这幅草图上已初显端倪。众门徒被分成了几组，画面更注重人物的个性特征。为了明确人物身份，人物形象下面出现了匆忙写就的说明文字（其中菲利普被提到了两次）。但犹大仍然在桌子的靠近观者的一侧，约翰依然睡得很沉。
不过在列奥纳多的素描簿中有另一张年代更早的纸张，可以追溯到15世纪80年代，上面画着三幅互有关联的素描：一群人坐在桌子旁边，有一人单独坐在桌前，双手托着脑袋，还有一个人就是耶稣，他的手指指向那个命中注定的碟子。这三幅素描并不是为《最后的晚餐》所作的习作，因为画中只有五个人坐在桌旁愉快地聊天以打发时间，他们并不是耶稣的门徒。画中场景可能是发生在某次乡村的欢宴中，人们围坐在桌前。但不知是什么激发了列奥纳多的灵感，使他在同一页纸上迅速画下吃圣餐的基督这一令人心酸的场景，十五年之后才把这个想法实现。 温莎皇家图书馆和威尼斯藏有的素描的重心逐渐从整体布局转移到单独人物形象特征上面。温莎皇家图书馆藏有著名的系列头像，大多数用红粉笔画成，有一些已经画得比较完整：犹大、彼得、大雅各、圣菲利普（最后两个形象用的是同一个模特，只不过在图画中被赋予了鲜明的个性特征）。其中有一幅圣约翰双手的习作，画面非常精美；还有一幅习作上画着圣彼得的衣袖。“福斯特笔记本”中还有一些简短的评论，对这些习作进行了补充———某位来自帕尔马的亚历山大为耶稣的手提供原型；“住在比塔的克里斯托法诺·达·卡斯蒂廖内的头部的形状很美”。其中有一处笔记，标题非常简单，就写着“耶稣”两字，列奥纳多在下面写着“摩塔洛红衣主教手下的乔瓦尼.孔蒂”，这个人可能是耶稣的模特。
其中一些人物描写在最后完成的壁画中得到了体现，比如白胡子的圣安德烈（从左边数第三个人）摊开他的掌心，耸起他的肩膀。而其他人的动作都发生了改变，转过身、手中拿把刀子的那个人变成了圣彼得，而碰倒玻璃杯的则变成了另一个人，他就是打翻盐瓶的犹大。这些姿势中至少有一个早已出现在温莎皇家图书馆收藏的第一幅构图素描中，即人数较少的那组人像中，耶稣和犹大之间的那个人“用手遮住了眼睛”。
与整体构图一样，这些带有感情色彩的动作体现了列奥纳多《最后的晚餐》中崭新的理念：他摒弃了从中世纪流传下来的构图传统，即信徒们沿着桌子呆板地坐成一条直线。在《最后的晚餐》中，用餐者的线条被打断了，取得了神奇的效果。呈现在我们眼前的是波浪状的一群人，门徒们被分成四个组，每组三个信徒：聚集成群的这些信徒突然处在了一个紧要关头。列奥纳多也找到了他戏剧性的一刻：不是圣餐仪式，也不是确认犹大的身份，而是众人在听到耶稣宣布消息时极度震惊的反应——“只有在你们面前我才能肯定地说，你们中间有人将要背叛我。”众信徒悲痛万分。因而，画面布局的流畅部分是由基督的这个决定造成的，即讲故事的那一刻出现的，几乎就是电影中的一幕。
犹大是这幅画的反面人物，但在为准备《最后的晚餐》而作的侧面像习作（温莎皇家图书馆藏）中，犹大是一个比魔鬼还要丑陋的人，几乎就是一个怪物，但他也表现出某种懊悔和自我憎恶的意味，这也使这幅侧面像带有某种悲剧色彩，或带有基督教的仁爱之意。关于犹大的脸，瓦萨里曾讲过一个趣闻：圣玛利亚感恩教堂修道院院长总是催促列奥纳多“尽快完成这项工作”，并向公爵抱怨这个艺术家如何拖延时间。得知此事后，列奥纳多对卢多维科说他还在寻找一个长着极为阴险毒辣的脸的人作犹大的原型，但如果实在找不到合适的脸，“他一定会用那个不够善解人意、缺乏耐心的修道院院长的头部”作为模型。听到这番话之后，公爵顿时狂笑不止，而“那个不幸的修道院院长糊里糊涂地回到家里，还担心在他的花园里工作的工人”。