分别计算纳税。
1、《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第三十九条：纳税义务人兼有税法第二条所列的两项或者两项以上的所得的，按项分别计算纳税。在中国境内两处或者两处以上取得税法第二条第一项、第二项、第三项所得的，同项所得合并计算纳税。
2、第三十六条：纳税义务人有下列情形之一的，应当按照规定到主管税务机关办理纳税申报：
（1）年所得12万元以上的；
（2）从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的；
（3）从中国境外取得所得的；
（4）取得应纳税所得，没有扣缴义务人的；
（5）国务院规定的其他情形。
年所得12万元以上的纳税义务人，在年度终了后3个月内到主管税务机关办理纳税申报。纳税义务人办理纳税申报的地点以及其他有关事项的管理办法，脊皮由国务院税务主管部门制定。
所以，在两个公司都有工资收入得分开计算应该缴纳的个人所得税。
下列所得不属于工资薪金所得樱则差征税范围：
（1）独生子补贴；
（2）托儿补助费；
（3）执行公务员工资制度未纳入基本工资总的补贴、津贴差额和家属成员的副食品补贴；
（4）差旅费津贴、误餐补助；
（5）远洋运输船员的伙食费补贴。
（6）取得的生育津贴、生育医疗费或其他属于生育保险性质的津贴、补贴，免征个人所得税。但是超出上述范围的津贴、补贴，应合并当月工资薪金申报缴纳个人所得税。
工资薪金所得与劳务报酬所得的区别：
非独立劳动与独立劳动；雇佣关系与非雇佣关系。工资、薪金所得是指非独立劳动，与单位存在雇佣关系。通俗的说就是单位员工从事的劳动所得按工资薪金所得征税。
参考资料来源：垫盯核江县人大常委会网：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》