我在网上查了一下，说分公司的增值税属于流转税，在注册地缴纳，可是分公司非独立核算，和总公司在同一个城市的不同区，开发票都是由总部统一开的，那怎么确定分公司的增值税应纳税额
既然分公司与总公司不在同一区（以县级行政区划为准），那么分公司自然应当在其注册地办理税务登记，并按规定领取孝搏、开具销售（销售商品或提供劳务的）发票，则分公司应当根据所开具销售发票的的金额计算销项税额；同时，分公司应根据购进货物或可抵扣的固定资产计算进项税额枣塌。每期根据销项税额大于进项税额的缴纳增值税应纳税额。分公司应当独立核算，只是未独立核算，但这并不影响分公司的纳税义务。
如果确系分公司的业务而由总公司开票，那么属于非法转移纳税义务，属凳慎圆于违法行为。
桥归桥，路归路。二者不能等同。
总、分公司不在同一县市，虽然销售方将货物仓储在分公司，但销售方是将发票开给总公司的，分公司并不是因要销售悉轮此批货物而接受，分公司仅为总公司仓储此批货物，因此分公司将此批货物移交时不应按销售货物缴纳增值税。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条
单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物：（三）设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的睁芦信除外
总、分公司不在同一县市，总公司与分公司应在各哗铅地办理了独立税务登记证。总公司与分公司都是流转税的独立纳税人。
总、分公司在同一县市，可以做内部调拨，不用开发票
非独立核算，不能单独开立基本账户，不能单独领用发票，可以在总公司下设单独账户，统一纳税。
可以分把分公司申请一般纳税人，然后增值税就可以按进销项核算了。企业所得税按总分机构分成。