根据《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》第一百三十九条的规定，自1999年12月20日起，中华人民共和国中央人民政府依照法律授权澳门特别行政区政府给持有澳门特别行政区永久性居民身份证的中国公民签败谈伍发中华人民共和国澳门特别行政区护照，给在澳门特别行政区的其他合法居留者签发中华人民共和国澳门特别行政区的其他旅行证件。持上述两种旅行证件前往世界各国和各地区有效，并载明持证人有返回澳门特别行政区的权利。证件申请人可向中华人民共和国驻外大使馆、总领事馆、领事馆或直接向特区入境事务处申办特区护照索取。
凡澳门特别行政区永久性居民中的中国公民，并持有澳门特别行政区永久性居民身份证，不论是否持有其他护照或旅行证件，皆可申请澳门特区护照。澳门特区护照封面为深绿色，内页共有48页。从护照封面至内页上的文字均使用了中文、葡萄牙文及英文，是现时中华人民共和国（中港澳）护照之中唯一标有除中、英文以外第三种语言（葡萄牙文）的护照。
护照当中备注页（旧版护照在第四页，而新版电子护照则在第一页）印有持证人的右手食指指纹及附加照片，这种做法在世界上其他国家的护照中是较为少见的，因此亦增加了澳门特区护照的防伪性。但正是指纹识别等一系列措施而令持证人在海外时不能直接透侍举过中华人民共和国驻当地机构补领或续期。持证人需要自行购买银行本票及把申请资料自行寄回澳门身份证明局，以及自行提供收件地址。除了不能使用到中国驻外机构交收件的便利，更要承受更大的资料窃漏及寄失的风险。
根据国际航空运输协会（IATA）公布察或，现时全世界只有欧盟护照和澳门特区护照已加入指纹识别（在中国电子护照签发之前，全亚洲只有澳门特区护照具有指纹识别）。
在中国电子护照签发之前，澳门特区护照亦是大中华地区护照之中唯一强制要求持证人签名并直接刻载于个人资料页（在持证人照片下方）上的护照。