审计部门发现被审计单位有涉税违法问题，如未按规定代扣代缴个人所得税，不能自行组织入库，只能将其违法情况向税务机关通报，并督促被审计单位抓紧将漏缴的税款入库。
《征管法实施细则》第八十四条伏手 审计机关、
财政机关依法进行审计、检查时，对税务机关的税收违法行为作出的决定，税务机关应当执行；发现被审计、检查单位有税收违法行为的，向被审计、检查单位下达决定、意见书，责成被审计、检查单位向税务机关缴纳应当缴纳的税款、滞纳金。税务机关应当根据有关机关的决定、意见局厅带书，依照税收
法律、行政法规的规定，将桐芦应收的税款、滞纳金按照国家规定的税收征收
管理范围和税款入库预算级次缴入国库。 税务机关应当自收到审计机关、财政机关的决定、意见书之日起30日内将执行情况书面回复审计机关、财政机关。 有关机关不得将其履行职责过程中发现的税款、滞纳金自行征收入库或者以其他款项的名义自行处理、占压。