教育部学位与研究生教育发展中心2012年学科评估结果中，生物医学工程一级学科排名中东南备宏蔽大学、清华大学、上海交通大学、华中科技大学、四川大学位列前五名。其中东南大学在两次评估中蝉联第一。 教育部生物医学工程一级学科排名
一级学科代码及名称：0831 生物医学工程（2007-2012年）
本绝扮一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共36所，本次有25所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计36所。 注：以下相同得分按学校代码顺序排列。 学校代码及名称 学科整体水平得分 10286东南大学 93 10003清华大学-北京协和医学院（清华大学医学部） 87 10248上海交通大学 85 10487华中科技大学 10610四川大学 82 10006北京航空航天大学 81 10335浙江大学 10611重庆大学 10698西安交通大学 10001北京仿州大学 77 10614电子科技大学 10007北京理工大学 73 10056天津大学 10246复旦大学 10561华南理工大学 10631重庆医科大学 10025首都医科大学 72 10145东北大学 10247同济大学 10252上海理工大学 10533中南大学 70 12121南方医科大学 10112太原理工大学 69 10226哈尔滨医科大学 10699西北工业大学 10255东华大学 67 10343温州医学院 10532湖南大学 10280上海大学 65 10524中南民族大学 90115解放军总医院（军医进修学院） 10142沈阳工业大学 63 10158大连海洋大学 10186长春理工大学 10730兰州大学 11660重庆理工大学