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001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
272 急忙掩饰的忽略(后篇)
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）
290 光彦森林迷失记（后篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
425 黑色冲击！
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
462 黑衣组织的影子
463 黑衣组织的影子
464 黑衣组织的影子
465 黑衣组织的影子
484黑色照片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
563 侦探团VS劫匪团 骚动
564 侦探团VS劫匪团 沉默
578 召唤危机的红色前升虚兆
579 黑色与13的暗示
580 逼近的黑之时限
581 摇曳的红色目标
667 婚礼前夜（前篇）
668 婚礼前夜（后篇）
671 侦探们的夜想曲（案件）
672 侦探们的夜想曲（绑架）
673 侦探们的夜想曲（推理）
674 侦探们的夜想曲（波本）
681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）
683 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）
701 漆黑的特快列车（发车）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）
705 密室中的柯南
706 解谜的波本
722 香甜冰凉的快递（前篇）
723 香甜冰凉的快递（后篇）
尚未改吵激燃成动画版的漫画
01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
02/04 014 行踪不明的男子
02/05 015 可怜的少女
02/06 016 追踪高大的男人
02/07 017 恶魔一样的主谋
04/04 033 黑色公事包之铅宏谜
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 炸弹的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密组织成员·代号雪莉
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？
19/09 189 被狙击的球！
19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的子弹
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不见的恐怖
29/04 288 危险讯号
29/05 289 光天化日下的埋伏
34/11 350 金苹果①
35/01 351 金苹果②
35/02 352 金苹果③
35/03 353 金苹果④
35/04 354 金苹果⑤
37/05 377 黑暗的足迹①
37/06 378 黑暗的足迹②
37/07 379 黑暗的足迹③
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危险的相遇
37/10 382 顺风车
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到访者留下的谜
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隐藏的真相
42/05 429 月圆之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽灵船
42/07 431 隐形人出现
42/08 432 工藤新一登场
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐坏的苹果
46/07 475 封印
48/09 499 门铃怪客
48/10 500 新黑衣人
49/01 501 追踪目标
49/02 502 新的指令
49/03 503 黑衣组织vsFBI ①
49/04 504 黑衣组织vsFBI ②
53/07 550 目击者一人
53/08 551 钉子与蛇
53/09 552 锤子的真面目
53/10 553 不可思议的兼职
54/01 554 晚餐的菜单
54/02 555 梦中之星
57/09 595 乌鸦之歌
57/10 596 第二条线
57/11 597 假患者
58/01 598 跟踪，然后……
58/02 599 赤井的过去
58/03 600 孤注一掷
58/04 601 伪装
58/05 602 最终手段
58/06 603 任务
58/07 604 姐弟
58/08 605 意外的嫌疑人
58/09 606 13日又是星期五
58/10 607 卡迈尔的过去
58/11 608 魔法的咒语
59/01 609 钢楔
60/03 622 红白黄色
60/04 623 黑白君
60/05 624 新邻居
64/01 664 一角岩
64/03 666 杀气
65/03 677 命运之人
65/04 678 陷阱
65/05 679 摇摆的心
65/06 680 与危险的二人同行
67/03 699 期待明天
67/04 700 危险地带
67/05 701 赤与13的暗示
67/06 702 炸弹犯的目的
67/07 703 暴风雪中的真相
67/08 704 寂静的战争
72/04 755 通话代码
74/02 775 视频网站
74/03 776 罐子和猫
74/04 777 步美的痕迹
75/09 793 私家侦探 *
75/10 794 遗传信息 *
75/11 795 回归于火焰的命运 *
76/01 796 相约科伦坡 *
76/02 797 错综复杂的谎言与谜题 *
76/03 798 侦探们的夜想曲 *
76/04 799 小孩的好奇心和侦探的探究心 *
76/05 800 立体交错的思绪
76/06 801 完全不笑的人
76/07 802 别摆出那副表情
76/09 804 高木警官送来的礼物 *
77/02 808 迟到的扫墓 *
77/09 815 自己的地盘
77/11 817 灯下的孤影
78/01 818 神秘列车（启程）
78/02 819 神秘列车（隧道）
78/03 820 神秘列车（一等）
78/04 821 神秘列车（交叉）
78/05 822 神秘列车（拦截）
78/06 823 神秘列车（冒烟）
78/07 824 神秘列车（终点）
78/08 825 特别教练 *
78/09 826 消失的密室钥匙 *
78/10 827 解谜的钥匙
80/03 842 猫咪快递◆ *
80/04 843 送往工藤家的快递◆ *
80/11 850 波本的目的◆
81/01 851 茱蒂的追忆◆ *
81/02 852 赤井秀一的消息◆
81/05 855 侦探在酒吧解决案件◆
81/06 856 外遇调查◆
未发行单行本漫画：
File.865 三色猫上尉
File.866 猫着真心
剧场版
M 5 通往天国的倒计时（2001年）
M 13 漆黑的追踪者（2009年）
真人版
单发版第二部 工藤新一的复活 黑衣组织的对决
漫画特别篇
26/09 寄托于飞艇的愿望（前篇）
26/10 寄托于飞艇的愿望（后篇）
26/11 黑衣组织——出现（前篇）
26/12 黑衣组织——出现（后篇）
35/09 守护病毒侵袭的豪华游轮（前篇）
35/10 守护病毒侵袭的豪华游轮（后篇）
001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
272 急忙掩饰的忽略(后篇)
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）
290 光彦森林迷失记（后篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决
385 斯特拉迪瓦里小提琴埋派历的不和谐音
387 斯特拉迪瓦里小提琴羡亩的不和谐音
425 黑色冲击！
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
462 黑衣组织的影子
463 黑衣组织的影子
464 黑衣组织的影子
465 黑衣组织的影子
484黑色照弯搜片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
563 侦探团VS劫匪团 骚动
564 侦探团VS劫匪团 沉默
578 召唤危机的红色前兆
579 黑色与13的暗示
1
云霄飞车杀人事件
54
电玩公司杀人事件
129
来自黑暗组织的女子
大学教授杀人事件
176
与黑暗组织的再会（灰原篇）
177
与黑暗组织的再会（柯南篇）轮没
178
与黑暗组织的再
会（解决篇）
230
神秘的乘客（前篇）
231
神秘的乘客（后篇）
272
情急之下的应变之
道（后篇）
274
幽灵屋的真相（前篇）
286
工藤新一纽约事件（事件篇）
287
工藤新一纽
约事件（推理篇）
288
工藤新一纽约事件（解决篇）
289
光彦森林迷失记（前篇）
290
光
彦森林迷失记（后篇）
307
遗留下来的无声证言（前篇）
308
遗留下来的无声证言（后篇）
309
与黑色组织的接触（交涉篇）
310
与黑色组织的接触（追踪篇）
311
与黑色组织的
接触（决死篇）
339
四辆保时捷（后篇）
340
厕所里隐藏的秘密（前篇）
341
厕所里隐藏
的秘密（后篇）
345
与腊弯纳黑衣组织直面对决
满月之夜的双重谜案
425
黑色冲击！组织魔爪伸
来的瞬间
462
黑暗组织的影子
年幼的目击者
463
黑暗组织的影子
奇妙的照明
464
黑暗
组织的影闹亮子
谜样的高额报酬
465
黑暗组织的影子
珍珠的流星
484
黑色照片的去向（前
篇）
485
黑色照片的去向（后篇）
491-504
红与黑的碰撞
579
黑与
13
的暗示
580
逼近的
黑色时刻
581
红色的摇摆目标
还有漆黑的隧道列车几集忘了
柯南中，黑衣人出现的集数很多，以下是一些代表性的集数：1.集数3：国际工程师在日本2.集数21-23：怪盗基德登场3.集数48-49：黑衣组织暗中出现4.集数54-55：黑衣组织绑架小兰5.集数118-120：黑衣组织出现于伊豆半岛6.集数129-130：黑衣组织追踪小新7.集数176-178：黑衣组织出现于雪山8.集数345-347：黑衣组织和怪盗基德的对决9.集数491-504：黑衣组织成员发生剧变10.集数783-784：黑衣卖并组织与友配启FBI的决斗以上是一些比较经典和重要的黑衣人出现好如的集数，但是黑衣人在整个漫画/动画中的出现频率非常高，曾经在多个故事中出现过。