南通大学与扬州大学相比，扬州大学更好。扬州大学学科建设更丰富、院系设置更多、师资力量更雄厚。
1、师资力量。
南通大学学校师资力量雄厚，学校现有教职工3152人，其中高级职称以上1549人，博士、硕士生导师1300余人。共有两院院士10人（含双聘院士9人），国家万人计划领军人才2人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年科学基金获得者1人。
“百千万人才工程”国家级人选3人，“973”项目首席科学家2人，国家重点研发计划项目首席科学家4人，奥运会冠军1人，江苏省“333”蚂毁拆高层次人才第一层次1人，第二层次10人，江苏省特聘教授17人。
截至2020年2月，扬州大学有教职员工6000多人，其中专任教师2400多人，医护人员1900多人，具有高级职称教师1300多人，博、硕士生导师3100多人，中国工程院院士2人、外籍院士1人，国家“万人计划”科技创新领军人才入选者3人、科技创业领军人才入选者1人、教学名师入选者2人。
“杰出青年科学基金”获得者5人，“优秀青年科学基金”获得者2人，首批全国高校黄大年式教师团队1个，国家级教学名师1人，“百千万人才工程”国家级人选7人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者11人，“创新人才推进计划”中青年科技创新领军人才4人。
2、学科建设。
根据2016年1月学校官网显示，南通大学设有99个本科专业，建有3个一级学科博士学位授权点，二级学科博士学位授权点有20余个，17个一级学科硕士学位授权点和105个二级学科硕士学位授权点。
拥有1个江苏省高校国家重点学科培育建设点，6个江苏省一级学科重点学科，3个江苏省一级学科重点建设学科，5个省优秀学科梯队，2个江苏省高校优势学科建设工程一期项目。
截至2020年6月，扬州大学有一级学科博士闷枣学位授权点21个，一级学科硕士学位授权点50个，博士专业学位类别3个，硕士专业学位类别27个，博士后流动站20个；拥有国家级重点学科2个，国家重点（培育）学科1个，省优势学科7个，省“十三五”一级学科重点学科6个。
省一级学科重点（培育）学科3个，化学、植物与动物科学、工程学、农业科学、临床医学、材料科学、计算机科学等7个学科的ESI排名进入全球大学和科研机构前1%。
3、院系设置。余掘
截至2020年2月，扬州大学拥有7个校区，29个二级学院及1个独立学院，121个本科专业，涵盖哲、经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理、艺术等12大学科门类。
根据2019年9月学校官网显示，南通大学设有106个本科专业，20个学院、1个独立学院（杏林学院）、1家直属大型综合三级甲等医院（南通大学附属医院）和国际教育学院、继续教育学院。
参考资料：百度百科-南通大学
参考资料：百度百科-扬州大学
南通大学和扬州大学比扬州大学的师资力量更深厚、重点学科更多、教学建设更齐全。
一、师资力量
1、南通大学：南通大学有教职工3152人，其中高级职称以上1549人，博士、硕士生导师1300余人。共有两院院士10人（含双聘院士9人），国家万人计划领军人才2人，国家杰出青年科学基金获得者2人，国家优秀青年科学基金获腊伍得者1人，“百千万人才工程”国家级人选3人。
“973”项目首席科学家2人，国家重点研发计划项目首席科学家4人，奥运会冠军1人，江苏省“333”高层次人才第一层次1人，第二层次10人，江苏省特聘教授17人。师资力量更更缺乏。
2、扬州大学：扬州大学有教职员工6000多人，其中专任教师2400多人，医护人员1900多人，具有高级职称教师1300多人，博、硕士生导师3100多人，中国工程院院士2人、外籍院士1人，国家“万人计划”科技创新领军人才入选者3人。
“杰出青年科学基金”获得者5人，“优秀青年科学基金”获得者2人，首批全国高校黄大年式教师团队1个，国家级教学名侍者师1人，“百千万人才工程”国家级人选7人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者11人，“创新人才推进计划”中青年科技创新领军人才4人。师资力量更深厚。
二、教学建设
1、南通大学：南通大学有有5个国家特色专业建设点，20个江苏省品牌专业。教学建设更缺失。
2、扬州大学：扬州大学有有国家级一流本科专业建设点18个，国家级特色专业6个，省级一流本科专业建设点18个，江苏高校品牌专业6个。教学建设更齐全。
三、重点学科
1、南通大学：南通大学有3个一级学科博士学位授权点，二级学科博士学位授权点有20余个，17个一级学科硕士学位授权点和105个二级学科硕士学位授权点。拥有1个江苏省高校国家重点学科培育建设点，6个江苏省一级学科重点学科，3个江苏省一级学科重点建设学科。重点学科更少。
2、扬州大学：扬州大学有一级学科博士学位授权点21个，一级学科硕士学位授权点50个，博士专业学位类别3个，硕士专业学位类别27个，博士后流动站20个；拥有国家级重点学科2个，国家重点（培育）轮谈或学科1个，省优势学科7个，省“十三五”一级学科重点学科6个。
省一级学科重点（培育）学科3个，化学、植物与动物科学、工程学、农业科学、临床医学、材料科学、计算机科学等7个学科的ESI排名进入全球大学和科研机构前1%。重点学科更多。
参考资料来源：
百度百科——南通大学
百度百科——扬州大学